Научные исследования Почвенного института по своей тематике и содержанию сочетают разработки фундаментальных проблем почвоведения с решением конкретных прикладных задач по актуальным проблемам повышения плодородия, эффективности использования и охраны почвенных ресурсов в сельскохозяйственном производстве.
Фундаментальные исследования Почвенного института ведутся по следующим основным направлениям:
Изучение направленности и интенсивность современных почвенных процессов в природных и антропогенных ландшафтах с применением системы инновационных методов исследования почв.Разработка теоретических и методических основ анализа и оценки состояния, мониторинга и использования почвенных ресурсов России.
Разработка методологии почвенно-агроэкологического мониторинга для проектирования адаптивно-ландшафтных систем земледелия и выработки мероприятий по сохранению плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения
Почвенный институт проводит семинары, научно-производственные совещания и конференции с целью решения пропаганды и внедрения достижений почвоведения в практику земледелия.