В 1888 году по инициативе В. В. Докучаева в составе Вольного экономического общества учреждается Почвенная комиссия, ставшая предшественницей Почвенного института.

Комиссия реорганизовывается в Докучаевский почвенный комитет, во главе К. Д. Глинка (председатель), Л. И. Прасолов, С. С. Неуструев.

На базе Докучаевского почвенного комитета был организован Почвенный отдел Комиссии по изучению естественных производительных сил (КЕПС) при Академии наук.

2 апреля 1927 г. Почвенный Институт имени В.В. Докучаева Российской академии сельскохозяйственных наук был организован как самостоятельное научное учреждение постановлением Общего собрания Академии Наук СССР. С этого времени почвоведение было признано фундаментальной академической наукой. Институт состоял из отдела картографии и географии почв, руководимого Л. И. Прасоловым, нескольких зональных групп, возглавлявшихся Б. Б. Полыновым, С. С. Неуструевым, Н. И. Прохоровым, А. М. Панковым, М. И. Рожанцем, и Почвенного музея. Экспериментально-лабораторная база института первоначально состояла из трех лабораторий (химии почв - К. К. Гедройц, минералогии почв - П. А. Земятченский и массовых анализов - Н. И. Соколов).

Начаты крупные комплексные экспедиционные работы. В связи с организацией колхозов институт проводит обследования почв в Башкирии, Оренбургской области и других районах. Проекты ирригации, мелиорации и хлопководства требуют почвенных исследований в аридных территориях СССР (Заволжье, Кулундинский район, Казахстан и Средняя Азия). Изучался почвенный покров в районах промышленных новостроек и будущего гидростроительства: Кузнецкий бассейн в Сибири, долина р. Волхов (строительство Волховской ГЭС), бассейн верхней Волги (строительство Волжской плотины) и многие другие.

Под руководством К. Д. Глинки и Л. И. Прасолова были опубликованы Почвенная карта Европейской части Советского Союза, Общая почвенная карта Азиатской части Советского Союза; по литературным данным были составлены почвенные карты и написаны почвенно-географические очерки Индии, Японии, Африки.

Был организован ряд специальных лабораторий: плодородия почв, минералогии почв, биохимии почв, засоленных почв, физико-химии почв, аналитическая лаборатория, кабинет микробиологии почв; лаборатории физики и эрозии почв, а также созданы рентгенографическая (И. Д. Седлецкий) и спектральная (Д. Н. Иванов) лаборатории.

Под руководством Л. И. Прасолова составлена Мировая почвенная карта. Развивались специальные исследования генезиса почв: подзолистых (А. А. Роде); лесостепных (И. В. Тюрин, А. А. Завалишин); солонцов и солончаков (Е. Н.Иванова, В. А. Ковда); каштановых (И. Н. Антипов-Каратаев). За это десятилетие также было составлено несколько принципиально новых схем классификации почв (схема Б. Б. Полынова и схема И. П. Герасимова, А. А. Завалишина и Е. Н. Ивановой); Интенсивно развивалось экспериментальное почвоведение изучение почвенных коллоидов (И. Н. Антипов-Каратаев), органического вещества почв (И. В. Тюрин, М. М. Кононова). Большое внимание уделялось познанию плодородия почв.

В годы Великой Отечественной Войны институт вел большие работы по выявлению земельных ресурсов Урала, Казахстана, по борьбе с засолением орошаемых почв и улучшению их, по изучению водного режима богарных сероземов. Группа сотрудников, оставшихся в Москве, работала по оборонной тематике (изучение проходимости местности, создание временных аэродромов, водонепроницаемость экранов при устройстве водохранилищ и т.д.).

Основные исследования института направлены на восстановление и развитие народного хозяйства страны. В связи со строительством крупных гидроэлектростанций (на Волге, Дону, Днепре, Амударье и др.) институт активно участвовал в создании оросительных систем. Изуча