С 1939 по 1973 гг. лабораторией, а затем отделом руководил академик С.С. Соболев, продолживший прежнюю тематику эрозионных исследований. Под его руководством сотрудниками были проведены комплексные почвенно-эрозионные исследования Европейской части СССР. Изучены географические закономерности распространения водной и ветровой эрозии почв на территории всей страны, впервые составлена серия почвенно-эрозионных карт СССР и отдельных регионов. Материалы этих исследований послужили основой двух томов монографии «Развитие эрозионных процессов на территории Европейской части СССР и борьба с ними» (1948 г., 1960 г.). Были разработаны основные методические приемы использования материалов почвенно-эрозионных обследований для обоснования комплексных проектов внутрихозяйственного землеустройства с противоэрозионной организацией территории, составлены серия карт факторов эрозии и почвенно-эрозионная карта территории СССР. 

С 1973 по 1995 гг. отдел возглавил П.С. Трегубов. В лаборатории разрабатывались теоретические основы защиты почв от эрозии и восстановления плодородия эродированных почв; изучались зональные и региональные закономерности развития эрозионных процессов с целью теоретического обоснования зональных приемов по борьбе с водной и ветровой эрозией почв (Нечерноземная зона, Северный Кавказ); совершенствовались диагностика и классификация эродированных почв. 

С 1996 года руководство отделом и курирование работы лаборатории осуществлял академик А.Н. Каштанов. Лабораторией с 1998 г. по 2016 г. руководил А.С. Извеков. Исследования были направлены на разработку практических мероприятий по защите почв от эрозии. Большое внимание уделялось методическим вопросам, картографированию, проектированию и разработке комплексных противоэрозионных мероприятий. Выявлена большая эффективность в применении контурной организации территории, агролесомелиорации, способам почвозащитной обработки почвы. За разработку и внедрение в производство новых почвозащитных технологий для защиты черноземов от дефляции группе сотрудников лаборатории в 2004 году присуждена Премия Правительства РФ в области науки и техники. 

С 2016 г. по 2020 г. руководство лабораторией продолжил В.Н. Щепотьев. Тематика исследований лаборатории дополнилась разработкой методики использования БПЛА для оценки эрозии на основе анализа спектральных характеристик снимков поверхности и построения цифровых моделей рельефа. 

С 2021 г. работой лаборатории руководит к.г.н., в.н.с. А.П. Жидкин.