В 1888 году по инициативе В. В. Докучаева в составе Вольного экономического общества учреждается Почвенная комиссия, ставшая предшественницей Почвенного института.

Комиссия реорганизовывается в Докучаевский почвенный комитет, во главе К. Д. Глинка (председатель), Л. И. Прасолов, С. С. Неуструев.

На базе Докучаевского почвенного комитета был организован Почвенный отдел Комиссии по изучению естественных производительных сил (КЕПС) при Академии наук.

2 апреля 1927 г. Почвенный Институт имени В.В. Докучаева Российской академии сельскохозяйственных наук был организован как самостоятельное научное учреждение постановлением Общего собрания Академии Наук СССР. С этого времени почвоведение было признано фундаментальной академической наукой. Институт состоял из отдела картографии и географии почв, руководимого Л. И. Прасоловым, нескольких зональных групп, возглавлявшихся Б. Б. Полыновым, С. С. Неуструевым, Н. И. Прохоровым, А. М. Панковым, М. И. Рожанцем, и Почвенного музея. Экспериментально-лабораторная база института первоначально состояла из трех лабораторий (химии почв - К. К. Гедройц, минералогии почв - П. А. Земятченский и массовых анализов - Н. И. Соколов).

Начаты крупные комплексные экспедиционные работы. В связи с организацией колхозов институт проводит обследования почв в Башкирии, Оренбургской области и других районах. Проекты ирригации, мелиорации и хлопководства требуют почвенных исследований в аридных территориях СССР (Заволжье, Кулундинский район, Казахстан и Средняя Азия). Изучался почвенный покров в районах промышленных новостроек и будущего гидростроительства: Кузнецкий бассейн в Сибири, долина р. Волхов (строительство Волховской ГЭС), бассейн верхней Волги (строительство Волжской плотины) и многие другие.

Под руководством К. Д. Глинки и Л. И. Прасолова были опубликованы Почвенная карта Европейской части Советского Союза, Общая почвенная карта Азиатской части Советского Союза; по литературным данным были составлены почвенные карты и написаны почвенно-географические очерки Индии, Японии, Африки.

Был организован ряд специальных лабораторий: плодородия почв, минералогии почв, биохимии почв, засоленных почв, физико-химии почв, аналитическая лаборатория, кабинет микробиологии почв; лаборатории физики и эрозии почв, а также созданы рентгенографическая (И. Д. Седлецкий) и спектральная (Д. Н. Иванов) лаборатории.

Под руководством Л. И. Прасолова составлена Мировая почвенная карта. Развивались специальные исследования генезиса почв: подзолистых (А. А. Роде); лесостепных (И. В. Тюрин, А. А. Завалишин); солонцов и солончаков (Е. Н.Иванова, В. А. Ковда); каштановых (И. Н. Антипов-Каратаев). За это десятилетие также было составлено несколько принципиально новых схем классификации почв (схема Б. Б. Полынова и схема И. П. Герасимова, А. А. Завалишина и Е. Н. Ивановой); Интенсивно развивалось экспериментальное почвоведение изучение почвенных коллоидов (И. Н. Антипов-Каратаев), органического вещества почв (И. В. Тюрин, М. М. Кононова). Большое внимание уделялось познанию плодородия почв.

В годы Великой Отечественной Войны институт вел большие работы по выявлению земельных ресурсов Урала, Казахстана, по борьбе с засолением орошаемых почв и улучшению их, по изучению водного режима богарных сероземов. Группа сотрудников, оставшихся в Москве, работала по оборонной тематике (изучение проходимости местности, создание временных аэродромов, водонепроницаемость экранов при устройстве водохранилищ и т.д.).

Основные исследования института направлены на восстановление и развитие народного хозяйства страны. В связи со строительством крупных гидроэлектростанций (на Волге, Дону, Днепре, Амударье и др.) институт активно участвовал в создании оросительных систем. Изучался солевой режим почв, решались проблемы повышения плодородия орошаемых почв, рационального использования водно-земельных ресурсов в условиях дефицита пресной воды, охраны речных вод от загрязнения, разрабатывались методы картографирования засоления орошаемых и неорошаемых почв. Институт принял активное участие в специальных исследованиях по обоснованию проектов мелиорации в Барабинской, Кура-Араксинской и Зейско-Буреинской низменностях, в Средней Азии, Прикаспийской низменности.

Институт приступил к составлению Государственной Почвенной карты масштаба 1:1 000 000, что на многие годы определило содержание почвенно-картографических работ.

Н.Н. Розовым при участии Е. В. Лобовой составлена и издана обзорная карта СССР, получившая Золотую медаль на Всемирной выставке в Брюсселе (1958 г.).

Продолжаются обширные почвенно-мелиоративные исследования в Средней Азии и Заволжье, составлены карты засоления почв Европейской части СССР и всей страны. Продолжаются работы по классификации почв.

С 1961 г. Институт перешел в систему Министерства сельского хозяйства в состав быв. Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В.И. Ленина (ВАСХНИЛ), ныне Россельхозакадемия. Опубликованы крупные работы Б. Б. Полынова и сотрудников по изучению первичного почвообразовательного процесса, биологического происхождения концентрации ряда элементов; И. В. Тюрина, М. М. Кононовой о географических закономерностях гумусообразования; В.А. Ковды и В. В. Егорова по засоленным почвам и их мелиорации исследования; А.Н. Розанова по сероземам и орошаемым почвам, И. Н. Антипова-Каратаева и сотрудников по мелиорации солонцов и физико-химическим исследованиям. Ряд фундаментальных трудов удостоен Государственных и именных премий (В. В. Докучаева, Д. Н. Прянишникова, В. Р. Вильямса).

Большое место в тематике института занимает разработка принципов агропочвенного районирования, систем учета почвенных ресурсов и их качественной оценки. Институт осуществил специальное почвенно-сельскохозяйственное районирование страны, основанное на знании генетических особенностей и производственных возможностей различных почв в разных условиях ландшафта. Проведен качественный перспективный учет почвенных ресурсов СССР. Важнейшим направлением деятельности Института является обобщение генетических и картографических исследований и разработка классификации почв России. Разработана первая официальная классификация почв страны, построенная на эколого-генетической основе.

Вышло в свет многотомное издание "Агрофизическая характеристика почв СССР".

Юбилейная сессия ВАСХНИЛ, посвященная 50-летию со дня основания ПОЧВЕННОГО ИНСТИТУТА им. В.В.ДОКУЧАЕВА. За достигнутые успехи и в связи с 50-летием Институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Почвенный институт является родоначальником микроморфологических исследований почв (Б.Б. Полынов. И.И. Феофарова, Е.И. Парфенова, Е.А. Ярилова). Почвенный институт координировал научные исследования по плану научно-технического сотрудничества стран-членов СЭВ в области сельского хозяйства, проводил научные исследования на двусторонней основе с США, Францией, Германией, Монголией, Ливией и др., оказывал научную помощь почвоведам Кубы, Лаоса, Сирии и др.

В конце XX века Институт выполнял научные работы по международным проектам, по контрактам с министерствами и ведомствами РФ.

Издан новый, переработанный и дополненный, вариант классификации, в который включены антропогенно-преобразованные почвы (составители: Л.Л. Шишов, В.Д. Тонконогов, И.И. Лебедева). Она переведена на английский язык и издана в 2001 г. под редакцией профессора Р. Арнольда. Многие сотрудники Почвенного института были удостоены звания лауреатов Государственной премии, Золотой медали и премии им. В. В. Докучаева и разнообразных наград на государственных и международных выставках и конференциях.

Орденами «За заслуги перед Отечеством» II степени награждены 4 ученых; почетное звание «Заслуженный деятель науки РФ» присвоено 1 ученому.

Премией Правительства РФ отмечены 4 ученых; медалью «За труды по сельскому хозяйству» награжден 1 ученый.

Академик А.Л. Иванов, оставаясь вице-президентом Россельхозакадемии, возглавляет Почвенный институт им. В.В. Докучаева. Под его руководством принципиально усовершенствовался план научно-исследовательских работ Института, созданы новые направления в части мониторинга, картографии, использования средств дистанционного зондирования, новых интеллектуальноемких технологий оценки состояния почвенного покрова России, на уровне мировых стандартов. Проведена реконструкция здания, изменился облик помещений и инфраструктуры, появилось много современного оборудования, созданы новые лаборатории, укрепился и сохранился кадровый потенциал, к науке привлекается талантливая молодежь. В несколько раз повысились условия социальной защищенности, зарплата сотрудников, общий объем освоенных финансовых средств. Все шире в практику исследований Института вводятся новые технологии изучения почвенного покрова с использованием космических снимков, цифровой картографии, ГИС-технологий. Это направление становится одним из ведущих в Институте. Было опубликовано Руководство по среднемасштабному картографированию на основе ГИС технологий (М.С. Симакова и др.), по крупномасштабному картографированию (Н.П. Сорокина и др.). Для изучения строения почв используется георадарная съемка.

На основании Федерального закона от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации», Почвенный институт вошел в состав РАН. В рамках реформы РАН было создано Федеральное агентство научных организаций, к которому в настоящее время и относится Почвенный институт им. В.В. Докучаева. В 2013 г. вместе со специалистами других институтов под руководством академика А.Л. Иванова была подготовлена и издана коллективная монография в 3-х томах «Научные основы предотвращения деградации почв (земель) сельскохозяйственных угодий России и формирования систем воспроизводства их плодородия в адаптивно-ландшафтном земледелии». За последние годы Институт приобрел новые современные приборы для проведения тонких исследований по изучению: порового пространства почв (микротомограф ScayScan 1172), микростроения почв (поляризационный микроскоп нового поколения (OLYMPUS BX51 с видеокамерой), новые резальные и шлифовальные станки для изготовления шлифов, для изучения гранулометрического состава приобретен современный лазерный анализатор частиц (Microtrac Bluewave), для определения элементного состава – энергодисперсионный рентгенфлюоресцентный анализатор (ЭДРФА), атомно-эмиссионный спектрофотометр микроволновой плазмы (МП-АЭС), приборы для секвенирования и анализа почвенного микробиома и многие др. приборы. Все это позволило Институту выйти на новый уровень исследований.

Академики В.И. Кирюшин и А.Л. Иванов стали лауреатами премии Правительства РФ в сфере образования за 2013 г. Молодые сотрудники Е.В. Першина, Е.А. Иванова, М.В. Семенов, А.К. Тхакахова, Т.И. Чернов – получили премию Правительства РФ 2015 г. в области науки и техники для молодых ученых за разработку молекулярно-генетического подхода к микробиологической оценке здоровья и ресурсного потенциала почв России.

9 сотрудников награждены Золотой медалью им. В.В. Докучаева, премию им. В.В. Докучаева получили – 12 сотрудников. В 2015 г. академик А.Л. Иванов награжден Золотой медалью им. В.Р. Вильямса, а академик В.И. Кирюшин в 2015 г. стал лауреатом премии им. акад. В.Р. Вильямса. В настоящее время в Институте работают 92 научных сотрудников, из них 50 человек моложе 39 лет, 3 академика РАН, 2 члена-корр. РАН, 31 доктор и 50 кандидатов наук. Ежегодно Институт имеет от 15 до 19 грантов РФФИ, гранты Президиума РАН на проведение научных исследований и конференции гранты РНФ.

Под руководством и редакцией академика А.Л. Иванова создан «Единый государственный реестр почвенных ресурсов России» (2014), утвержденный Президентом Россельхозакадемии Г.А. Романенко и министром сельского хозяйства РФ И.В. Федоровым. Реестр базируется на основе новейших информационных технологий, включает полную унифицированную цифровую информацию о разнообразии почв России. Технологическая платформа Реестра (цифровые базы данных, электронные карты, компьютерные модели описания почвенных данных) ориентирована на оценку пригодности почв для агропроизводства, кадастровых работ, мониторинга деградации почв и земель, что открывает новые возможности для формирования госполитики использования и охраны почв, субсидиарной политики в сельском хозяйстве. Совместимость Реестра с почвенно-ресурсными данными ЕС и Мира расширяет перспективы согласованного решения проблем продовольственной и экологической безопасности.

Изданы Руководство по описанию почв в системе «Единого государственного реестра почвенных ресурсов России», монографии «Почвенное органическое вещество» (В.М. Семенов, Б.М. Когут), «Начальные стадии почвообразования на покровном суглинке (экспериментальное моделирование)» (Н.П. Чижикова и др.), «Основные достижения и перспективы почвенной метагеномики».

Крепнут связи Института с Научным центром Еврокомиссии, с Международным центром сельского хозяйства на засоленных землях для Центральной Азии и Южного Кавказа, с Агрофизическим институтом АН Польши, Казахским НИИ почвоведения и агрохимии им. У.У. Успанова, Казахским национальным аграрным университетом, Национальным университетом Узбекистана им. Мирзо Улугбека. Институт осуществляет совместные работы с Узбекистаном по изучению засоленных почв пустыни Кызылкум и засоленных почв Приаралья. Достигнуто соглашение о присоединении Института к международному консорциуму по выполнению проекта «Глобальная почвенная карта». Институт определен в качестве регионального координатора работ.